Каждая фауна имеет свою историю. Формирование фауны, или фауногенез, продолжается очень длительное время, измеряемое иногда целыми геологическими периодами. Те виды и группы жи­вотных, которые живут в настоящее время на той или иной тер­ритории, могут быть весьма отдаленными потомками других жи­вотных, давно вымерших либо больше не встречающихся в ка­ких-то частях Земли. Описанием процесса зарождения и смены фаун занимается генетическая, или историческая, зоогеография. Для того чтобы ее выводы и заключения были достоверными, необходимо привлечь целый арсенал прямых и косвенных доказа­тельств смены комплекса видов животных во времени и простран­стве. Лучшую опору для познания прежнего облика фауны дают ископаемые находки. Они и являются прямыми доказательствами пребывания какого-нибудь вида в составе изучаемой фауны в оп­ределенный период ее развития. Примерами могут служить наход­ки скелетов мамонта в Сибири или окаменевших костей динозав­ров в Монголии.

Но такие находки редки, а многие группы животных не сохра­няются в ископаемом состоянии вообще. При отсутствии палеон­тологических материалов характер фауногенеза устанавливается по косвенным свидетельствам — данным исторической геологии, палеогеографии, выводам на основе теории эволюции. Большую пользу приносят также и собственные зоогеографические сведе­ния о дизъюнкциях ареалов, эндемиках и реликтах.