Как уже упоминалось, одна из самых важных задач таксономии - построение классификации. Действительно, все разнообразие животного мира должно быть классифицировано таким образом, чтобы можно было по месту организма в системе извлечь о нем максимально возможную информацию.

Зоологическая классификация - это распределение животных по группам на основании их сходства и родства (в самом широком смысле последнего слова) - такое определение дает Э. Майр. Первые классификации были целиком типологическими. Группы выделялись на основании сходства. Еще до Ч. Дарвина говорили о низших и высших организмах, понимая под этим сложность организации, но не степень эволюционного развития. В литературе того периода можно встретить и слова родственные группы , но здесь также вкладывается лишь типологический смысл (группы сходного плана строения). Эмпирическая оценка признаков (большого количества признаков) приводила к созданию порой действительно естественных групп не только в типологическом плане, но и в эволюционном.

В последарвиновский период и вплоть до настоящего времени господствуют две теории зоологической классификации: кладизм и эволюционная систематика. Кладизм - теория, согласно которой организмы получают ранг и классифицируются исключительно в зависимости от давности происхождения от общего предка . Основные идеи кладизма (другое название - филогенетическая систематика) восходят к выдающемуся немецкому энтомологу и систематику В. Хеннигу, который, видя недостатки отдельных систематических школ, предложил свою стройную систему логических построений в биологической систематике. Кладизм с его методами стал одним из мощных инструментов познания в систематике и филогенетике. Принципы Хеннига сводятся в основном к следующему.

1. Классификация последовательно отождествляется с филогенией, точнее даже, с генеалогией.

2. Система представляется как иерархия дихотомического (надвое) деления групп, которые должны быть строго монофилетическими.

3. Порядок соподчинения групп (относительный ранг), определяется только временем их возникновения.

Статус категории, согласно теории Хеннига, зависит от положения точки ветвления на филогенетическом древе. Кладизм, учитывая ветвление, не принимает во внимание степень дивергенции, то есть темпы эволюционных преобразований. Эволюционное же родство обязательно должно включать оба эти момента. Наиболее демонстративным примером может служить приводимый Э. Майром случай с филогенетическим родством птиц, крокодилов, ящериц и змей.

Следуя кладистам, нужно объединить в один таксон крокодилов, птиц, ящеротазых динозавров и еще две вымершие группы, а пресмыкающихся противопоставить им как другой монофилетический таксон - таксон, происходящий от одной общей предковой группы. Хотя генеалогически крокодилы более близки к птицам, их все-таки необходимо объединять с рептилиями. Птицы настолько бурно эволюционировали, что их генотипы намного сильнее отличаются как от крокодилов, так и от других рептилий. Крокодилы и ящерицы, несомненно, сохранили гораздо больше общего. Именно генетическое родство указывает на существование двух четких таксонов: Aves и Reptilia. Если же формально придерживаться генеалогического родства, то совершенно различные группы окажутся в одном таксоне и прогностическая ценность классификации в значительной степени пострадает. Классификацию, видимо, нельзя сводить к филогении. Классификация основывается на филогении, но не является ее простой и слепой проекцией.

Другой пример, который демонстрирует точку зрения кладистов, с одной стороны, и представителей эволюционной систематики - с другой, также касается соотношения степени эволюционного преобразования и давности происхождения группы.

Таким образом, кладисты считают, что дивергенция представляет собой единственный исторический процесс, имеющий место в эволюции надындивидуальных групп организмов в природе, исключая различие в темпах эволюции. Далее кладисты считают, что можно определить ранг таксона, устанавливая точку ветвления на геологической временной шкале. Таксоны в иерархии подчинены друг другу в соответствии с временной дистанцией между моментами их возникновения и настоящим временем. Положение точки ветвления на геологической временной шкале определяет ранг категории. Так, с точки зрения кладистов, на схеме  таксон d + e является родом семейства f отряда g, несмотря на то что по своей организации таксон d + e резко отличен от остальных. В то же время таксоны b и c, сходные по многим признакам, оказываются в различных семействах.

Систематик-эволюционист соглашается с кладистом, когда допускает, что обычно два таксона тем более сходны, чем позднее разошлись их филогенетические линии. Однако систематик-эволюционист, кроме того, должным образом учитывает в своей классификации любую неравную дивергенцию линий потомков. Сознательно игнорируя эти различия, кладист часто вынужден признавать таксоны, весьма неравноценные по своему значению.

Таксон a + b + c  кладисты называют парафилетическим и считают его существование неправомерным, искусственным. Действительно ли такие таксоны искусственны? Казалось бы, да, если мы хотим получить максимум информации из системы, таксоны должны быть монофилетическими. Однако до уровня х - у дивергенция еще не зашла очень далеко, и многие признаки у вновь возникшего таксона f появляются параллельно с признаками таксона h. Здесь имеется еще очень сходная генетическая программа, которая предполагает возможность параллельного развития. Таксон d + e начинает бурно эволюционировать, занимая новую экологическую нишу. Генетическая программа резко изменяется и уже не сходна с сестринской. Если какая-либо дочерняя группа эволюционировала быстрее, чем другие родственные линии, не только можно, но и должно возвести ее в более высокий ранг, чем сестринские группы.