Виды, близкие по многим существенным признакам, но все же репродуктивно изолированные друг от друга, объединяются в роды. По мере ступенчатого расширения критериев сходства близкие между собой роды соединяются в семейства, семейства - в отряды, отряды - в классы, классы - в типы. Иерархическая структура этих таксонов должна указывать на степень филогенетического родства. В построенной таким образом естественной системе объединение видов в таксон высшего ранга свидетельствует о наличии у них общего предка в определенное геологическое время, причем, чем дальше от современности момент расхождения родственных форм, тем выше должен быть ранг охватывающей виды систематической категории.

Все таксоны рангом выше видового называются высшими таксонами. Объединение видов в высшие таксоны осуществляется в три этапа:

1) установление ближайших родичей вида;

2) отыскание разрывов, которые позволяют выделить группы видов и решить, какие из этих групп следует формально различать как отдельные роды;

3) сведение родов в группы таксонов все более высокого ранга и придание этим таксонам рангов соответствующих категорий таксономической иерархии.

В свою очередь, объединение в группы может быть осуществлено следующими путями:

1) по невзвешенному фенетическому сходству;

2) выявление путем логики характера ветвления филогенетических линий;

3) по взвешенному фенетическому сходству.

Второй путь свойствен кладизму. При этом большое значение имеет установление примитивных (плезиоморфных) признаков и специализированных (апоморфных). На схеме каждый из видов апоморфен по какому-либо признаку. B и C синапоморфны, следовательно, апоморфия, то есть отклонение от исходного плана строения, возникла у их общего предка D. Из этого следует, что общий предок F дивергировал сначала на A и D, последний позднее дал B и C. Важно подчеркнуть, что симплезиоморфия не может быть надежным ориентиром при объединении в группы. При установлении родства на основе взвешенного сходства (третий путь) сразу возникает проблема выбора признаков. Наибольшим доверием пользуются признаки с большим весом, то есть признаки, не подвергшиеся воздействию экологических сдвигов, коррелированные признаки, признаки, которым характерна низкая степень изменчивости. Доверие вызывают также сложные признаки и общие производные признаки (синапоморфные). К признакам с малым весом относятся моногенные или олигогенные признаки, регрессивные признаки и признаки, являющиеся результатом узкой специализации. Признаки, которым свойственна широкая изменчивость (например, трахейная система или жилкование в дистальной части крыла), малопригодны для выявления сходства между таксонами.

Описанная выше процедура объединения таксонов в группы представляет собой важнейший этап филогенетического анализа. В целом филогенетический анализ заключается в решении двух тесно связанных, но все же различных вопросов. В первую очередь восстанавливаются особенности строения и биологии предка каждой из групп исследуемых таксонов, предполагаемых монофилетическими. На втором этапе выясняются родственные отношения членов этой группы, то есть определение последовательности ветвления филогенетического древа. В этом случае приходится сравнивать характер признаков, сближающих и различающих родственные группы.

При разграничении и распределении таксонов по рангам необходимо учитывать такие особенности, как обособленность, то есть величину разрыва между группами, измеряемую не просто в терминах фенетической дистанции, а в терминах биологической значимости. Необходимо помнить, что разрывы между таксонами - результат значительных событий в истории группы. Четко ограниченные высшие таксоны почти неизменно имеют вполне определенный экологический смысл. Различия в использовании условий среды и занимаемой адаптивной зоне обусловливают ширину и четкость разрыва между таксонами.

Заключительным этапом построения системы, итогом работы служит изображение родственных отношений между рассматриваемыми таксонами, при этом используется один из трех возможных способов. Фенограмма удобна тем, что все рассматриваемые признаки делятся на пары, которые затем последовательно соединяются попарно на основании сходства признаков, а также в зависимости от вкусов автора. Несмотря на очевидную субъективность такого подхода, построение фенограмм полезно как первый этап оценки признаков. В кладограмме основная нагрузка ложится на точки ветвления филогенетического древа, которые затем строго датируются на основании палеонтологических данных. В данном случае ранг категории основывается на геологическом времени, когда предок того или иного таксона отошел от родительского ствола. В филограмме  в отличие от кладограммы различные углы отхождения ветвей от предковых линий отражают различную степень дивергенции.