Изучение структуры фауны является первым этапом ее иссле­дования. Но этого недостаточно, чтобы понять ее особенности и в дальнейшем судить о ее происхождении. Специфика одной фау­ны, ее отличия от других становятся очевидными только при срав­нении их структур. Для этого обычно берутся две соседние фауны, в отдельных же случаях требуется сравнение и отдаленных фаун. Необходимым условием такого рода исследований является при­мерно равная степень изученности сравниваемых фаун, хотя это не всегда соблюдается из-за неполноты фаунистических сведений.

Сравнительный анализ начинается с изучения списков видов локальных фаун. При этом обращается внимание на качественные отличия, т.е. на таксоны (виды, роды и т.д.), которые присут­ствуют лишь в одной из сравниваемых фаун. Количество видов (или других таксонов), характерных только для одной локальной фауны, служит показателем ее специфики.

При сравнительном анализе большое значение имеют опреде­ление степени общности и различия между двумя фаунами. Более точно это можно установить с помощью количественных методов. Для математического выражения степени сходства фаун двух рай­онов предложен ряд формул. Наиболее часто применяется форму­ла Жаккара, по которой определяют коэффициент общности (К), выражающийся в процентах:

где    С — число видов, общих для обеих фаун;

А, В — число видов соответственно в первой и второй фауне.

Используется также формула Сьеренсена:

Оба коэффициента в общем однотипно отражают степень сход­ства фаун сравниваемых районов. Применяют и другие показате­ли, например индекс различия фаун.